L'attività di ricerca scientifica di Daniele Pulcini si è concentrata negli ultimi anni sullo studio di metodologie per lo sviluppo di sistemi energetici applicati. La metodologia è approfondita nei suoi aspetti tecnologici, tecnici, economici, di regolamentazione e di efficienza. In questo ambito si è dedicato principalmente ai pubblici servizi, con una particolare attenzione al settore del risparmio energetico. Coordina una unità di ricerca del CIRPS - Sapienza Università di Roma dedicata agli Enti Locali, denominata AEREL (Applicazioni Energetiche Rinnovabili per gli Enti Locali). Questa unità di ricerca, dedicata al settore energetico, segue le politiche di regolamentazione, l'organizzazione e la liberalizzazione del mercato, l'introduzione di nuove tecnologie e le prestazioni ambientali del sistema, con la finalità di accompagnare gli enti locali nel raggiungimento degli obiettivi del programma 20-20-20. Recentemente l'unità di ricerca si è specializzata nelle tecnologie per la produzione delle microalghe per la farmaceutica, la nutraceutica e l'energia da fonti rinnovabili.

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